L'AMPA s'organitza en dos òrgans: l'Assamblea General i la Junta Directiva.
L'Assamblea General és l'òrgan suprem de l'associació; els seus membres en formen part per dret propi i irrenunciable.
La Junta Directiva regeix, administra i representa l'associació.

L'AMPA té vocació de permanència juntament amb el Col·legi Sant Miquel dels Sants, no obstant, pot ser dissolta si així ho acorda l'Assamblea General, convocada amb caràcter extraordinari expressament per aquest fi. En tal cas, el romanent net es destinarà a una entitat benèfica local.